TCGA有自己的一套工具，ICGC也有自己的網(wǎng)站，但是好的資源一定要整合。集成的越多越好（雖然不一定是這樣，但是有這種想法的人不少）。只有利用它們，它們才能發(fā)揮更大的作用。方便的。今天推出的UCSC XENA 實(shí)現(xiàn)了這一目標(biāo)。

首先，我來說說UCSC。無論是這個(gè)學(xué)校還是這個(gè)網(wǎng)站，對(duì)于生物學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的研究人員來說并不陌生。

用于數(shù)據(jù)分析的參考基因組序列、基因注釋信息、重復(fù)序列信息、區(qū)域保護(hù)信息和CpG島信息都可以從UCSC的FTP服務(wù)器或TableBrowser獲得。當(dāng)然，您也可以詳細(xì)閱讀ENSEMBLE中的NGS基礎(chǔ)知識(shí)-參考基因組和基因注釋文件。 UCSC 基因組瀏覽器是基因組測(cè)序數(shù)據(jù)可視化領(lǐng)域的一項(xiàng)里程碑式的工作。精美的圖形顯示、PDF輸出、便捷的在線操作、豐富的控制信息、豐富的公共數(shù)據(jù)集、獨(dú)特的多樣本Overlay顯示等都是其特點(diǎn)。還可以在本地安裝UCSC基因組瀏覽器進(jìn)行測(cè)序數(shù)據(jù)可視化（三）——UCSC基因組瀏覽器。隨后UCSC Xena隆重亮相。

UCSC Xena功能基因組瀏覽器是集分析、可視化和Galaxy于一體的新一代在線數(shù)據(jù)分析和可視化平臺(tái)。目前，TCGA、ICGC、TARGET、GTEx、CCLE等91個(gè)隊(duì)列的1098個(gè)公共數(shù)據(jù)集已經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化。因此，可以組合和比較不同的數(shù)據(jù)集。

熱圖方法可以顯示單基因和多基因的表達(dá)、突變、拷貝數(shù)變異以及樣本屬性。對(duì)于任何顯示的變量（不同表型患者的比較、不同基因表達(dá)的比較、突變有無的比較、甲基化水平的變化），都可以進(jìn)行生存分析，可以繪制KM圖，及其對(duì)可以計(jì)算患者的生存率。影響。熱圖可以按任何一個(gè)變量進(jìn)行排序，然后查看其他變量的變化。例如，按藥物治療狀態(tài)排序以查看基因表達(dá)或修飾的變化。另外，Xena為ICGC數(shù)據(jù)門戶提供了Chrome擴(kuò)展，可以將XENA的Heatmap顯示添加到ICGC界面，但測(cè)試并不成功。

這次我在測(cè)試Xena插件的時(shí)候，又去ICGC的官網(wǎng)查了一下，網(wǎng)站又更新了。好在變化不算太大，之前的ICGC 數(shù)據(jù)庫和TCGA 數(shù)據(jù)庫在線仍然可以使用。

數(shù)據(jù)庫的使用主要靠你多做操作，仔細(xì)閱讀，多讀文檔。不要只是想找到你想要的東西。尤其是剛接觸的時(shí)候，只要看一本小說，多瀏覽幾頁就知道里面有什么。熟悉了幾個(gè)基本操作、幾種常見的數(shù)據(jù)類型和顯示方法后，無論數(shù)據(jù)庫如何修改，操作都是一樣的。

XENA提供的這個(gè)視頻對(duì)于熟悉XENA的使用提供了很多幫助。剩下的取決于你想解決什么問題。