上一期詳細(xì)介紹了可視化界面和軌跡管理中的常用功能。本期將介紹如何利用UCSC獲取基因轉(zhuǎn)錄信息，尋找與啟動子結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子。

首先搜索目標(biāo)基因，進(jìn)入詳情界面。選中圖1的框，點擊顯示圖2的頁面，最上面是該基因的基本信息和功能描述。整個界面內(nèi)容顯示在Page Index表中，其中包含以下13條信息：

1.工具和數(shù)據(jù)庫的序列和鏈接（與其他數(shù)據(jù)庫的關(guān)系）

2.來自UniProtKB的評論和描述文本（Uniprot網(wǎng)站信息）

3.MalaCards疾病協(xié)會（基因與疾病之間的聯(lián)系）

4. 毒理學(xué)比較數(shù)據(jù)庫（CTD，基因與藥物/化合物之間的聯(lián)系）

5.來自GTEx的RNA-Seq表達(dá)數(shù)據(jù)（53個組織中RNA-Seq基因的表達(dá)）

6.Microarray Expression Data（基因芯片數(shù)據(jù)中基因的表達(dá)）

7.mRNA Second Structure of 3' and 5' UTRs（基因UTR區(qū)二級結(jié)構(gòu)）

8.Protein Domain and Structure信息（蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)）

9.Orthologous Genes in Other Species（其他物種的同源基因）

10.Gene Ontology (GO) Annotations with Structures Vocabulary（GO注釋）

11.來自所有相關(guān)GenBank mRNA 的描述（GenBank 中的其他轉(zhuǎn)錄本）

12.Biochemical and Signaling Pathways（基因相關(guān)信號通路）

13.該基因的其他名稱（基因別名）

圖1

圖2

具體序列可以在序列以及工具和數(shù)據(jù)庫鏈接部分查詢。點擊Genomic Sequence后，會出現(xiàn)圖3頁面。您可以根據(jù)需要選擇轉(zhuǎn)錄起始位點上游、5'UTR、CDS、3'UTR、內(nèi)含子等區(qū)域。查看順序。您可以在頁面底部選擇序列呈現(xiàn)方式。使用UCSC查詢序列不需要考慮基因轉(zhuǎn)錄方向，比ncbi方便。 UCSC 最近還添加了JASPAR 數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫可用于查找與感興趣基因的啟動子結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子。那么小編就簡單介紹一下如何操作。

圖3

以圖1中的人POMC基因為例，首先在圖3的頁面中選擇Promoter/Upstream by xxx 堿基，通常選擇上游2000bp作為啟動子序列。點擊提交即可獲取啟動子序列和具體位置。

圖4

然后在搜索查詢部分輸入啟動子序列位置（圖4紅框內(nèi)容），點擊go；在軌跡管理部分找到Regulation，將JASPAR Transcription Factors設(shè)置為pack或full，點擊刷新，頁面會更新如圖6所示，即顯示所有預(yù)測可能結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子。

圖5

圖6

然后點擊想要研究的轉(zhuǎn)錄因子，進(jìn)入詳情界面（圖7）。該接口包括JASPAR id、結(jié)合預(yù)測分?jǐn)?shù)、結(jié)合位置和長度等。分?jǐn)?shù)范圍為1-1000。分?jǐn)?shù)越高，綁定的可能性就越大。

圖7

如果想在界面上只顯示要研究的轉(zhuǎn)錄因子，可以點擊圖7紅框中的鏈接，然后點擊Configure，在彈出的窗口中選擇目標(biāo)轉(zhuǎn)錄因子（紅框中的內(nèi)容（如圖8），最后點擊頁面頂部的提交。自動跳轉(zhuǎn)到圖9頁面。此時，可視化界面會顯示指定轉(zhuǎn)錄因子的序列，同時也會顯示除人類以外的物種。

圖8

圖9

至此，UCSC網(wǎng)站的介紹就結(jié)束了。相信大家對于網(wǎng)站的使用方法已經(jīng)有了初步的了解。下一期我們將介紹如何使用基因?qū)殠靚cbi網(wǎng)站。感興趣的朋友可以關(guān)注一下~

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